Masako Owada est née le 9 décembre 1963 à Tokyo au Japon. Elle est la fille d’Hisashi Owada, juriste et diplomate japonais, membre de la Cour Internationale de justice de La Haye aux Pays-Bas depuis 2003. Aînée de la fratrie, elle a deux soeurs, les jumelles Setsuko et Reiko, nées en 1966. La famille déménage souvent au gré des affectations de son père. Elle passe sa petite enfance en Russie, avant de revenir au Japon où elle effectue une partie de sa scolarité. A 15 ans, elle poursuit ses études aux Etats-Unis où son père est nommé vice-ambassadeur auprès des Nations Unies. En 1980, elle sort diplômée de la Belmont High School de Boston.
Polyglotte et diplômée de l’université de Harvard, la jeune étudiante se destine à une carrière de diplomate. En 1986, elle retourne au Japon pour étudier le droit à l’Université de Tokyo. Elle poursuit par la suite son cursus en relations internationales à l’Université d’Oxford en Angleterre. Brillante, la jeune femme intègre le ministère des Affaires étrangères japonais, et devient l’une des plumes du Premier ministre à la fin des années 80.
Parallèlement, en 1986, elle croise pour la première fois le prince Naruhito du Japon, lors d’une réception en l’honneur de l’infante Elena d’Espagne. Le prince s’éprend de la jeune femme et va la courtiser pendant plusieurs années. Après trois demandes en mariage, Masako accepte d’épouser l’héritier du trône en 1992. Après la cérémonie des fiançailles en avril 1993, le mariage est célébré le 9 juin 1993. La princesse Masako renonce alors à mener une carrière dans la diplomatie et se conforme au protocole de l’Agence de la maison impériale qui régit la vie de la famille impériale.
Masako du Japon donne naissance à une fille, Aiko, en décembre 2001, après avoir subi une fausse couche en 1999. La pression de la succession s’accroît sur le couple princier; la monarchie japonaise n’autorisant qu’aux hommes l’accession au trône. La princesse Masako sombre peu à peu dans la dépression. Ses apparitions publiques se sont de plus en plus rares. Mais, en 2006, le frère de Naruhito du Japon, le prince Fumihito et son épouse Kiko donnent naissance à un fils, mettant un terme à la crise de la succession.
A partir de 2008, à l’occasion de la visite officielle du prince Charles d’Angleterre et de son épouse au Japon, la princesse Masako reprend petit à petit ses obligations officielles. En 2013, elle effectue son premier voyage officiel depuis onze ans, pour assister au couronnement de Willem-Alexander des Pays-Bas.
Le 1er décembre 2017, le gouvernement japonais annonce que l’empereur Akihito du Japon abdiquera le 30 avril 2019.
Le 1er mai 2019, le couple héritier Naruhito et Masako du Japon accède au trône impérial.